📚 GPUMDkit 教程

欢迎使用 GPUMDkit，这是一个面向 GPUMD 和 NEP 的命令行工具包。

功能简介

GPUMDkit 帮助你在计算材料科学研究中完成常见任务，无需编写自定义脚本。它支持格式转换、结构分析、性质计算、可视化和批量工作流——全部通过一个命令行工具完成。

常见任务

我想要...	教程
安装 GPUMDkit 并运行第一个命令	快速入门
规划 GPUMD/NEP 模拟及其后处理	模拟与后处理
将 VASP、LAMMPS、CP2K 或 CIF 文件转换为 extxyz	格式转换
检查结构距离、过滤数据集或查找异常值	分析工具
计算 MSD、离子电导率、XRD 或描述符	计算器脚本
分析极性材料、铁电体或 ABO3 体系	极性材料分析
绘制 NEP 训练结果或热力学数据	绘图脚本
运行批量 DFT 或 MD 模拟	工作流脚本
从数据集中选择代表性结构	结构采样
添加自己的 GPUMDkit 快捷命令	自定义命令

准备工作

安装

Conda（推荐）

conda create -n gpumdkit -c gpumdkit -c conda-forge gpumdkit
conda activate gpumdkit

部分功能需要额外安装可选依赖：

pip install neptrain calorine

从源码安装

git clone https://github.com/zhyan0603/GPUMDkit.git
cd GPUMDkit
source ./install.sh

交互模式

gpumdkit.sh

打开菜单后，按数字选择模块。

命令行模式

gpumdkit.sh -<选项> [参数...]

例如：

gpumdkit.sh -pos2exyz POSCAR model.xyz
gpumdkit.sh -plt train
gpumdkit.sh -calc msd trajectory.xyz Li 10

使用 gpumdkit.sh -h 查看所有可用选项。

模块概览

模块	菜单	CLI	描述
格式转换	1	-out2xyz, -pos2exyz	文件转换
结构采样	2	交互菜单、-frame_range、-pynep（已弃用）	结构采样
工作流	3	-	批处理
计算器	4	-calc <类型>	属性计算
分析工具	5	-range, -min_dist	结构分析
可视化	6	-plt <类型>	绘图工具
实用工具	7	-time, -clean	实用功能

全部教程

教程	描述
快速入门	安装和第一步
模拟与后处理	GPUMD/NEP 全流程与 Arrhenius 示例
命令参考	常用 CLI 和菜单入口速查
格式转换	在文件格式之间转换
计算器脚本	计算材料属性
分析工具	结构分析和验证
绘图脚本	绘图和可视化
工作流脚本	批处理和自动化
结构采样	结构选择方法
自定义命令	用户自定义 GPUMDkit 快捷命令
主动学习工作流	经过人工审查的 NEP 数据迭代协议
极性材料分析	铁电和极化相关工具
贡献指南	开发和贡献说明

链接

• GitHub: https://github.com/zhyan0603/GPUMDkit
• 文档: https://gpumdkit.cn/