📋 命令参考
本页列出 GPUMDkit 稳定的命令行快捷入口。对于参数较多、需要选择的任务，也可以使用交互模式。
源表维护在 docs/command_reference.tsv。
gpumdkit.sh -h 输出
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| GPUMDkit 1.5.6 (dev) (2026-06-17) Command Help |
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| MAIN FUNCTIONS |
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| -h Show this help table | -plt <type> Plot and visualization tools |
| -calc <type> Calculator tools | -time <gpumd|nep> Time-consuming analyzer |
| -update Update GPUMDkit | -clean Clean extra files in current dir |
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| FORMAT CONVERSION |
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| -out2xyz OUTCAR -> extxyz (shell) | -out2exyz OUTCAR -> extxyz (python) |
| -cp2k2xyz CP2K log -> xyz | -xdat2exyz XDATCAR -> extxyz |
| -cif2pos cif -> POSCAR | -cif2exyz cif -> extxyz |
| -pos2exyz POSCAR -> extxyz | -exyz2pos extxyz -> POSCAR |
| -pos2lmp POSCAR -> LAMMPS data | -lmp2exyz LAMMPS dump -> extxyz |
| -traj2exyz ASE traj -> extxyz | -replicate Replicate structure |
| -addgroup Add group labels | -addweight Add structure weight in extxyz |
| -clean_xyz Clean extra info in extxyz | -get_frame Extract specific frame |
| -frame_range Extract frames by range | |
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| ANALYSIS |
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| -range Energy/force/virial statistics | -analyze_comp Analyze composition |
| -chem_species Analyze chemical species | -cbc Charge balance check |
| -min_dist Min distance (no PBC) | -min_dist_pbc Min distance with PBC |
| -filter_dist Filter by min_dist (no PBC) | -filter_dist_pbc Filter by min_dist (PBC) |
| -pda Probability density analysis | -filter_box Filter by box-edge length |
| -pynep Deprecated PyNEP sampling | -nep_modifier Modify NEP model interactively |
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| Detailed usage: gpumdkit.sh -<option> -h Plot details: gpumdkit.sh -plt <type> -h |
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主命令
| 命令 |
语法 |
说明 |
-h |
gpumdkit.sh -h |
显示通用帮助 |
-update |
gpumdkit.sh -update |
更新 GPUMDkit |
-clean |
gpumdkit.sh -clean |
清理当前目录中的冗余文件 |
格式转换
| 命令 |
语法 |
说明 |
-out2xyz |
gpumdkit.sh -out2xyz <dir> |
OUTCAR 转 extxyz，shell 版本 |
-out2exyz |
gpumdkit.sh -out2exyz <dir> |
OUTCAR 转 extxyz，Python 版本 |
-cp2k2xyz |
gpumdkit.sh -cp2k2xyz |
CP2K 输出转 xyz/extxyz |
-xdat2exyz |
gpumdkit.sh -xdat2exyz <XDATCAR> <output.xyz> |
XDATCAR 转 extxyz |
-cif2pos |
gpumdkit.sh -cif2pos <input.cif> <output.vasp> |
CIF 转 POSCAR/VASP |
-cif2exyz |
gpumdkit.sh -cif2exyz <input.cif> <output.xyz> |
CIF 转 extxyz |
-pos2exyz |
gpumdkit.sh -pos2exyz <POSCAR> <output.xyz> |
POSCAR 转 extxyz |
-exyz2pos |
gpumdkit.sh -exyz2pos <input.xyz> |
extxyz 多帧转 POSCAR 文件 |
-pos2lmp |
gpumdkit.sh -pos2lmp <POSCAR> <output.data> |
POSCAR 转 LAMMPS data |
-lmp2exyz |
gpumdkit.sh -lmp2exyz <dump> <element...> |
LAMMPS dump 转 extxyz |
-traj2exyz |
gpumdkit.sh -traj2exyz <input.traj> <output.xyz> |
ASE trajectory 转 extxyz |
-replicate |
gpumdkit.sh -replicate <input> <output> a b c |
按晶胞倍数扩胞 |
-replicate |
gpumdkit.sh -replicate <input> <output> <target_num> |
按目标原子数扩胞 |
-addgroup |
gpumdkit.sh -addgroup <POSCAR> <element...> |
添加 GPUMD group 标签 |
-addweight |
gpumdkit.sh -addweight <input.xyz> <output.xyz> <weight> |
添加结构权重 |
-get_frame |
gpumdkit.sh -get_frame <input.xyz> <frame_index> |
提取单帧 |
-clean_xyz |
gpumdkit.sh -clean_xyz <input.xyz> <output.xyz> |
清理 extxyz 冗余属性 |
-frame_range |
gpumdkit.sh -frame_range <input.xyz> <start_frac> <end_frac> |
按比例范围提取帧 |
计算器
| 命令 |
语法 |
说明 |
-calc ionic-cond |
gpumdkit.sh -calc ionic-cond <element> <charge> |
离子电导率 |
-calc nep |
gpumdkit.sh -calc nep <input.xyz> <output.xyz> <nep.txt> |
NEP 性质预测 |
-calc des |
gpumdkit.sh -calc des <input.xyz> <output.npy> <nep.txt> <element> |
NEP 描述符 |
-calc doas |
gpumdkit.sh -calc doas <input.xyz> <nep.txt> <output.txt> |
原子态密度 |
-calc neb |
gpumdkit.sh -calc neb <initial.xyz> <final.xyz> <n_images> <nep.txt> |
基于 NEP 的 NEB |
-calc minimize |
gpumdkit.sh -calc minimize <structure> <nep.txt> [fmax] [max_steps] |
结构优化 |
-calc msd |
gpumdkit.sh -calc msd <trajectory.xyz> <element> <dt_fs> [max_corr_steps] |
从轨迹计算 MSD |
-calc nlist |
gpumdkit.sh -calc nlist [args...] |
邻居列表 |
-calc disp |
gpumdkit.sh -calc disp [args...] |
位移 |
-calc avg-struct |
gpumdkit.sh -calc avg-struct [args...] |
平均结构 |
-calc oct-tilt |
gpumdkit.sh -calc oct-tilt [args...] |
八面体倾斜 |
-calc pol-abo3 |
gpumdkit.sh -calc pol-abo3 [args...] |
ABO3 局域极化 |
分析工具
| 命令 |
语法 |
说明 |
-range |
gpumdkit.sh -range <input.xyz> <energy\|force\|virial> [hist] |
性质范围分析 |
-analyze_comp |
gpumdkit.sh -analyze_comp <input.xyz> |
成分分析 |
-chem_species |
gpumdkit.sh -chem_species <input.xyz> |
元素列表 |
-cbc |
gpumdkit.sh -cbc <input.xyz> |
电荷平衡检查 |
-min_dist |
gpumdkit.sh -min_dist <input.xyz> |
无 PBC 最小距离 |
-min_dist_pbc |
gpumdkit.sh -min_dist_pbc <input.xyz> |
带 PBC 最小距离 |
-filter_dist |
gpumdkit.sh -filter_dist <input.xyz> <min_dist> |
距离过滤 |
-filter_dist_pbc |
gpumdkit.sh -filter_dist_pbc <input.xyz> <min_dist> |
带 PBC 距离过滤 |
-filter_box |
gpumdkit.sh -filter_box <input.xyz> <edge_limit> |
盒子边长过滤 |
-filter_value |
gpumdkit.sh -filter_value <input.xyz> <property> <threshold> |
性质阈值过滤 |
-filter_range |
gpumdkit.sh -filter_range <input.xyz> <element1> <element2> <min_dist> <max_dist> |
元素对距离范围过滤 |
-pda |
gpumdkit.sh -pda <ref_struct> <trajectory.xyz> <species> <interval> |
概率密度分析 |
可视化
使用：
gpumdkit.sh -plt <type> [options]
gpumdkit.sh -plt -h
常用类型包括 train、prediction（别名：test）、thermo、msd、sdc、rdf、emd、nemd、hnemd、pdos 和 plane-grid。
工具
| 命令 |
语法 |
说明 |
-time |
gpumdkit.sh -time <gpumd\|nep> |
监控 GPUMD 或 NEP 进度 |
-nep_modifier |
gpumdkit.sh -nep_modifier |
交互式修改 NEP 模型 |
-pynep |
gpumdkit.sh -pynep |
已弃用的 PyNEP FPS 采样 |